Fonden ledes af en bestyrelsen med i alt tolv medlemmer, heraf otte repræsentanter for erhvervet og fire repræsentanter for offentlige interesser.
Bestyrelsen udpeges af fødevareministeren for en fireårig periode. Indeværende udpegningsperiode slutter den 31. oktober 2024.
Udpegningen af landbrugets repræsentanter sker efter forudgående udtalelse i enighed fra Økologisk Landsforening og Landbrug & Fødevarer.
Udpegningen af repræsentanterne for de offentlige interesser sker forudgående efter fælles udtalelse fra Arbejderbevægelsens Erhvervsråd, Forbrugerrådet og Det Frie Forskningsråd.
Medlemmerne af fondens bestyrelse fremgår nedenfor.
En oversigt over medlemmernes tilhørsforhold af relevans for arbejdet i Planteafgiftsfonden fremgår her.
Søren Laustsen (Formand)
Birte Boelt (Næstformand)
Christian Andreasen
Dorte Kvistgaard Christensen
Gurli Klitgaard
Helle Reedtz-Thott
Henrik Jessen
Katrine Lindegaard
Kern Lærkholm Petersen
Lisbeth Frank Hansen
Morten Lund Olesen
Torben Hansen